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円偏光二色性（CD）は、バイオ医薬品の高次構造を見る標準的な手法として ICH Q6B に名指しされ、 日本薬局方にも〈2.28 円偏光二色性測定法〉として収載されている。だが局方が二次構造解析について書いているのは 「算出に用いた方法を試験法に明記する」の一文だけで、どの参照データセットを使えとも、どれだけ合っていればよいとも書いていない。 そして、最も使われている解析サーバーの作者は「精度を左右する最大の要因は参照データセットである」と明記している。 本記事は JP19〈2.28〉の原文、DichroWeb・BeStSel の原著、そして「CD にはタンパク質二次構造解析にとって 本質的な限界がある」と題した論文の表を筆者自身が数え直したうえで、この手法が何を返し、何を返さないかを整理する。
サイズ排除クロマトグラフィー（SEC/GPC）は、分子量を測る方法として使われている。だが日本薬局方 〈2.05〉は、分子量の求め方を説明した直後にこう書いている ――「得られた分子量は、用いた分子量標準物質と 分析条件に依存する」。これは注意書きではなく、この手法の定義そのものである。SEC が分けているのは分子量 ではなく溶液中の広がり（流体力学的体積）で、同じ溶出位置でも棒状のエポキシ樹脂はポリスチレンより 分子量が 40〜50 % 低い。しかも較正の前提は狭分散標準ですら成り立っておらず、30 kDa の単分散標準を 注入量 4 µL と 50 µL で流すと、較正曲線上は 10〜40 kDa と 20〜40 kDa という別々の「分布」に見える ―― 光散乱で測れば、どちらも 30 kDa 付近の狭い分布である。タンパク質側ではさらに厄介で、SEC は測って いる最中に試料を変える。精製した二量体を再注入すると単量体と三量体が生まれ、カラム通過で有意な質量が 失われる。ある抗体では完全回収に 400 mM の NaCl が必要だったが、別の報告では NaCl はむしろ損失を 増やしアルギニンが効いた。分離原理、較正の限界、光散乱による絶対測定、二次相互作用、凝集体分析の 落とし穴までを一次資料の数値で追う。
MRM の最適化は「感度を最大にする作業」だと思われている。だが実際に最大化できる量はひとつもない。 ドウェル時間を伸ばせばサイクル時間が延びてピークの点数が減り、点数を稼ごうとドウェルを削れば イオン統計が痩せる。トランジションを増やせば同時監視数が増えて両方が悪化する。メーカー自身の 技術資料が「多重化を3倍にする2つの方法」として示している図は、どちらを選んでも別の何かが壊れる という図である。本記事は SANTE のイオン選択条文、SCIEX のサイクル時間の式、島津の実測 %RSD、 Thermo の血清中103トランジションのデータを原典で確認し、トランジション選択・コリジョンエネルギー・ Q1分解能・ドウェルとサイクルの算術・スケジュール MRM・クロストークまでを、装置の前で決める順序に沿って整理する。
マトリックス効果の教科書的な説明は「液滴表面や気相で電荷を奪い合う」だが、Merck の機構研究は 「気相反応が主因である可能性は低く、不揮発性溶質が液滴の溶液物性を変えることが主因」と結論している。 対処も同じくらい誤解されている。希釈の効果は希釈倍率の対数にしか比例しない（初期抑制 80% を 20% 未満にするには 25〜40 倍）。リン脂質除去プレートは回収率と再現性を大きく改善するが、マトリックスファクターは液液抽出と同等だった。 そして最後の砦とされる安定同位体標識内標準にも穴がある ― 重水素標識は同位体効果で保持時間がわずかにずれ、 分析種と内標準が違う抑制を受けて比が崩れた実例が報告されている。本記事は原著論文とメーカー技術資料を 原典で確認し、犯人の特定・4つの対処の定量的な効き目・規制が実際に要求していることを整理する。
SPEカートリッジのカタログは、収着剤名と充填量が並ぶだけで「どれを選べばいいか」を教えてくれない。 しかし選択のロジック自体は単純で、分析対象の pKa が収着剤の種類を決め、収着剤の質量が 処理できる試料量の上限を決め、ベッドボリュームが必要な溶媒量を決める。 本記事は、シリカC18をポリマー系が置き換えた理由（水濡れ性）、強/弱イオン交換を pKa で選ぶ規則、 「ベッド質量の5%（シリカ）〜10%（ポリマー）」という容量則、乾固を省くµElutionの実測差、 そしてSPE・SLE・LLEを同一試料で比較したメーカー実測データを、一次資料で確認して整理する。 あわせて、ICH M10 が回収率について何を要求し、何を要求していないかを条文で確認する。
ISR（実試料再分析）の判定基準「乖離度 ±20 % 以内」は、差を初回値ではなく初回値と再分析値の平均で割る式で定義されている。 そのため許される比は 1.22 倍で、普通の相対差に直すと高い側 +22.2 %・低い側 −18.2 % になる（筆者計算）。 同じ式で LBA の ±30 % は 1.35 倍、+35.3 %／−26.1 %。初回値を分母にして計算すると、本来合格の試料を不合格と数える。 実施規模の規定も数字を追うと性格が見える。1000 試料までは 10 %、超えた分は 5 % なので、10,000 試料の試験では再分析率が 5.5 % まで下がる。 実試料分析の受入基準「2/3 かつ各濃度 50 %」も、3 濃度 × 2 重測定なら 2 個が外れる 15 通りのうち 3 通り（同じ濃度で 2 個とも外れる場合）だけが不合格になる。 生体試料中の薬物濃度を測るバイオアナリシスは、ICH M10ガイドラインが2024年12月4日に 国内通知され、従来のクロマトグラフィー法・リガンド結合法の2通知は廃止された。旧通知でも よいとされた移行期間は令和7年9月30日開始分までで、すでに終了している。つまり現在はM10一本である。 本記事では通知と原文を根拠に、適用範囲、フル／パーシャル／クロスバリデーションの使い分け、 検量線の6濃度・75％ルール、真度精度の±15％（定量下限±20％）、実試料分析の受入基準、 マトリックス効果とキャリーオーバー、そしてISR（実試料再分析）の実施規模と判定基準までを実務の順に整理する。